《国家重点保护野生动物名录》是根据《中华人民共和国野生动物保护法》拟定[注 1]，最早由中国国务院于1988年12月10日批准，于1989年1月14日由原林业部、农业部令第1号首次发布施行[4]。首次发布的名录共收录物种259种（含7亚种，27类），其中国家一级97种（类），国家二级160种（类）[4][2]。
1993年4月14日，中国原林业部发出通知，决定将《濒危野生动植物种国际贸易公约》（CITES）附录一和附录二所列非原产中国的所有野生动物（如袋鼠、鸵鸟、非洲象、斑马等），分别核准为国家一级和二级保护动物。[5]
2003年2月21日，中国原国家林业局发布第7号令，将麝科麝属所有种由国家二级保护动物调整为国家一级保护动物，以全面加强麝资源保护。[6]
2018年5月9日，中国农业农村部通过了提升江豚为国家一级保护动物的专题论证，当下正会同国家林业和草原局，联合上报国务院申请将江豚升级为国家一级保护动物。[7]
2018年10月9日，中国农业农村部制定发布《〈濒危野生动植物种国际贸易公约〉附录水生动物物种核准为国家重点保护野生动物名录》公告。[8]
2020年6月3日，中国国家林业和草原局发布公告，为加强对穿山甲的保护，经国务院批准，将穿山甲属所有种由国家二级保护动物提升至一级。[9][10]
2021年1月4日经国务院批准, 由国家林业和草原局与农业农村部于2021年2月1日联合发布实施新名录，在全部保留原名录所有物种的基础上，新名录新增517种（类）野生动物。豺、长江江豚等65种由国家二级保护野生动物升为一级。[11][2]
2021年11月16日，农业农村部调整发布《〈濒危野生动植物种国际贸易公约〉附录水生动物物种核准为国家重点保护野生动物名录》公告。[12]